魔女との戦争を終えた人類の世界。 最強の〈魔女狩り〉である少女兵・クオは自身の安全性を証明するため「普通の生徒」として女子校へ通う特殊任務につく。失敗すれば処分される命懸けの任務…しかしクオは「超」がつく人見知りで⁉ 最強の兵士にして最弱のコミュ力の少女が「普通」に挑む学園生活。 しかしそこにいたのは戦争で滅びたはずの魔女の生き残りだった！ 「ぼくら、ともだちになろうよ」 クオは平和を望む魔女のルカと「秘密のともだち関係」を築くことになるのだが…？ ふしぎな友情が紡ぐ学園ガールミーツガール